Der Bahnhof ist als Kopfbahnhof gebaut. Hier beginnen und enden die meisten Personenzüge. Alle Strecken, ob Nebenbahn nach Villikur, Überlandbahn nach Rudingen oder die beiden zweigleisigen Hauptstrecken, können von hier aus erreicht werden. Er besitzt ausreichende Abstellgleise für Zuggarnituren und eine mittlere Ortsgüteranlage, sowie eine Postumschlagstelle. An den Kopfbahnhof war ursprünglich ein Bahnbetriebswerk mit Lokbehandlungsanlagen, Drehscheibe, Lokschuppen und Abstellgleisen angeschlossen. Teile des ursprünglichen BWs werden noch heute als Museums-BW genutzt. Die Gleisanlagen des BW sind zur Zeit noch in Arbeit.
Der Außenbahnhof ist ein Durchgangsbahnhof. Hier fahren die Güter- oder Personenzüge durch, welche nicht im Kopfbahnhof gewendet werden. Er stellt zudem die Abstellgruppe für den Wechsel zwischen oberer und unterer Ebene dar
Klaustal liegt an der zweigleisigen Hauptstrecke von Staufen und einem Schattenbahnhof. Außerdem gehen von hier aus Nebenstrecken nach Villikur, Thomasberg und nach Rudingen ab. Neben den sechs Bahnsteiggleisen und einem Durchfahrgleis befindet sich hier noch eine kleine Ortsgüteranlage, sowie Anschlussgleise an Industriebetriebe. Die Arbeiten am Bahnhofsgebäude, welches an Anlehnung an den Heidelberger Bahnhof entsteht, und Gleisvorfeld sind derzeit noch im Gange.
Im Kreuzungsbahnhof Staufen treffen mehrere Strecken zusammen. Von der zweigleisigen Hauptstrecke der oberen Ebene von Klaustal zu einem Schattenbahnhof zweigt die zweigleisige Hauptstrecke zum Kopfbahnhof Eppfurt mit Verbindung zum Außenbahnhof ab. Außerdem kreuzt die Nebenstrecke von Villikur nach Thomasberg den Bahnhof.Der Bahnhof liegt am Rand der historischen Stadt Staufen mit ihren einmaligen Fachwerkhäusern, einem großem Markt, dem imposanten Dom, sowie einer Klosteranlage.
Dieser Bahnhof war früher einmal von strategischer Bedeutung. Ein für das heutige Verkehrsaufkommen viel zu großes Bahnhofsfeld ist als Relikt aus dieser Zeit noch zu sehen. Von Villikur fahren Züge nach Klaustal, Staufen und Eppfurt (über Edgarsee) ab. Einst zweigte noch eine weitere, heute zurückgebaute, Nebenbahnstrecke ab. Von ihr blieb nur noch das verschlossene Tunnelportal und ein Gleisstumpf übrig. Der großen Kopfladerampe, bedient sich heute ein Landmaschinenhändler. Ferner besteht für das örtliche Sägewerk ein eigener Gleisanschluss.
Dieser typische Kleinbahnhof liegt an der Überlandbahn von Eppfurt über Edgarsee nach Klaustal und hat lediglich ein Umfahrgleis, welches eine Zugbegegnung von Triebwagen ermöglicht. Von hier aus wird auch ein Steinbruch bedient. Der bescheidene Lokschuppen, dient inzwischen einem Museumsverein zur Erhaltung Ihres Rollmaterials.
Dieser kleine Haltepunkt, mit Anschluß an den Bahnhof Rudingen, liegt an der zweigleisigen unteren Hauptstrecke und ermöglicht das Umsteigen zwischen der Fernbahn und der Überlandstrecke ´Rudingen-Klaustal´, bzw. ´Rudingen-Edgarsee´.
Der Bahnhof ist als Inselbahnhof ausgeführt. Von hier führt eine Überlandbahn nach Rudingen und zum Kopfbahnhof Eppfurt, die Nebenbahn zweigt nach Villikur ab. Die Architektur dieser Station ist so schön, dass viele Designer in ihren Projekten einige Details verwendet haben. Eines dieser Projekte war der beliebte Slot für Glücksspiele, dessen Grafikdesign zum Thema Züge und dieser besonderen Station gemacht wurde.Der Bahnhof liegt direkt am Edgarsee, einem Bade- und Ausflugsziel, und hat nur zwei Bahnsteiggleise.
Der Bahnhof ist als Durchgangsbahnhof mit 4 Gleisen in der Vitrine, über den Schattenbahnhöfen, angelegt und aus dem Anlagenraum nicht einzusehen. Er liegt an der Nebenstrecke von Klaustal nach Staufen.
Die Schattenbahnhöfe sind auf zwei Ebenen in einer Vitrine im Nebenraum als Durchgangsbahnhof aufgebaut. Jede Ebene besteht aus zwei Bahnhofsteilen (A/B bzw. C/D). A/B besteht aus je vier, C/D aus je fünf Durchgangsgleisen, welche elektrisch in der Mitte getrennt sind. Somit können pro Gleis eine lange oder zwei kurze Zuggarnituren abgestellt werden. Die nutzbare Gleislänge beträgt ca. 4 m bzw. 2 mal 2 m. Im Schattenbahnhof können somit maximal 36 kurze (2 Meter), bzw. 19 lange Zuggarnituren abgestellt werden. Die Ein- und Ausfahrten sind hier großteils mit Magnetweichen ausgeführt.